Le deuxième élément important qui remet en question la théorie de Darwin est que les deux concepts clefs de la théorie, considérés comme "des mécanismes évolutionnistes", n'avaient en fait aucune réalité évolutionniste.
Darwin a entièrement fondé sa théorie de l'évolution sur le mécanisme de la "sélection naturelle". L'importance qu'il a placée sur ce mécanisme était évidente au nom même de son livre: L'origine des espèces, au moyen de la sélection naturelle…
Pour la sélection naturelle, les êtres vivants qui sont les plus forts et les mieux adaptés aux conditions naturelles de leur environnement sont les seuls à pouvoir survivre dans la lutte pour la vie. Ainsi, dans un troupeau de cerfs sous la menace d'animaux sauvages, seuls les plus rapides survivent. De ce fait, le troupeau de cerfs sera composé uniquement des individus les plus rapides et les plus forts. Mais il est incontestable que ce mécanisme n'entraîne aucune évolution du cerf et ne le transforme pas plus en une autre espèce vivante telle que le cheval.
Le mécanisme de sélection naturelle n'a donc aucun pouvoir évolutionniste. Darwin en était totalement conscient et a dû l'exposer dans son livre L'origine des espèces en disant:
La sélection naturelle ne peut rien faire jusqu'à ce que des variations favorables aient la chance de se produire.
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